Главная
страница 1
скачать файл
Трансмембранные белки.



  1. Альфа-спиральные трансмембранные белки могут иметь разнообразное строение (2l0l, 3jyc, 1jq2, 1kyo, 2b6p).

Альфа-спиральные трансмембранные белки могут состоять из одной цепи (2l0l), а могут – из большого количества цепей (1kyo).

Альфа-спиральные трансмембранные белки могут включать в себя membrane inside region (2l0l); membrane loop (3jyc, 2b6p).

Белки, у которых трансмембранная часть представлена бета-баррелями, могут иметь разнообразное строение (2ge4, 1t1l, 1a0s, 1uun, 3o44).

Число бета-баррелей в белке м.б. различным (например, у 2ge4 одна бета-баррель, у 1t1l – две, у 1a0s – три).

Радиус бета-баррелей м.б. различным (например, у 2ge4 бета-баррель образована восемью бета-тяжами, а у 1a0s – восемнадцатью).

Бета-баррель м.б. образованна одной белковой цепью (2l0l) или несколькими белковыми цепями(1kyo, 2b6p).

Белки, у которых трансмембранная часть представлена бета-баррелями, могут включать в себя membrane inside region (1t1l, 1a0s, 3o44).




PDB код

Число цепей

Тип
(спираль, баррель)

Число трансмембранных участков в цепи

Число остатков в одном трансмембранном участке
(типичное, минимальное, максимальное)

3jyc

4

спираль

2

минимальное - 26

максимальное - 27



1t1l

2

баррель

14

минимальное - 11

максимальное - 15





  1. Предсказание трансмембранных участков CXB6_MOUSE:

Информацию можно найти…

…в записи Uniprot (подзаголовок “Sequence annotation (Features)”);

…при помощи сервиса TMHMM (см. выдачу сервиса TMHMM);

…соотнеся информацию о трансмембранных участках гомолога (CXB2_HUMAN) и выравнивание белков CXB6_MOUSE,CXB2_HUMAN.

Изображение CXB2_HUMAN – гомолога CXB6_MOUSE:

Предсказанные участки белка CXB6_MOUSE отмечены в выравнивании:



  • символ H - спираль

  • I - цитоплазматический участок

  • O – экстрацеллюлярный участок

  • Информация о трансмембранных участках гомолога была взята из БД PDBTM. PDBTM не содержит информацию о том является ли участок цитоплазматическим/экстрацеллюлярным (не трансмембранные участки обозначены как Side1 и Side2). Поэтому, предсказанные по ним участки обозначаются, соответственно, как 1 и 2.






Число а.к. остатков

Всего а.к. остатков в последовательности

261

Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего)

92

Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP)

66

Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP)

26

Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN)

79

Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN)

30

Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)

0,6875

Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP) 

0,7523809523809524

Точность(precision) = TP /(TP+FP)

0,7173913043478261

Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)

0,2826086956521739

Недопредсказание = FN / (TN+FN)

0,2752293577981651
скачать файл



Смотрите также:
Альфа-спиральные трансмембранные белки могут иметь разнообразное строение
36.23kb.
Строение кристаллов
148.81kb.
Краткая справка по выведению денег из зао «альфа телеком»
97.18kb.
Тема: «Происхождение. Многообразие. Роль земноводных»
49.02kb.
Устройство сборного основания под покрытия пола типа "альфа"
339.05kb.
Математическая морфология. Электронный математический и медико-биологический журнал. Том Вы
26.2kb.
Сегодняшнего урока – строение атома. Вы уже в этом году на уроках физики изучали строение атома. Слово учителю физики
55.23kb.
Суверенное государство
41.7kb.
Термин «кадровая политика» может иметь широкое и узкое толкование
33.03kb.
Вопросы для подготовки к экзамену по дисциплине "Химия" для студентов специальностей бвв, бвт
30.15kb.
Как комплекса методов работы с объектами размером менее 100 нанометров недостаточно точно описывает как объект, так и отличие нанотехнологии от традиционных технологий и научных дисциплин
21.56kb.
Основные положения теории химического строения органических веществ Бутлерова химическое строение как порядок соединения и взаимного влияния атомов в молекулах Основные направления развития этой теории
18.5kb.